Zeptal bych se účetní,jak k tomu dospěla

Přestávka na jídlo a oddech MUSÍ činit nejméně 30 minut (zde cca 15 minut) a NESMÍ být čerpána na začátku nebo na konci
pracovní doby (zde cca 15 minut před koncem pracovní doby) = 2 porušení zákoníku práce.

proč to celých 11 měsíců ona účtovala špatně

Nic špatně neúčtovala, účtovala to, co měla v podkladech. Chybu udělal ten, kdo ty podklady měl zkontrolovat
a podepsat jejich správnost. Tzn. mezičlánek mezi zaměstnancem a účetní.