zaměstnavatel může řešit jen věci kolem přepravního řádu a u něj jsem udělal podle něj vše naprosto správně. že nás police dala ke komisi je prý náš osobní spor.

To je samozřejmě nesmysl, vy jste tam v roli zástupce provozovatele toho autobusu, čili tím, kdo dohlíží na dodržování smluvních podmínek přepravy. Pokud někoho vyloučíte z přepravy na základě porušení podmínek, které stanovil váš zaměstnavatel, nejednáte z vlastní vůle a tedy nejde o žádný "osobní spor".
Pokud to tak zaměstnavatel prezentuje, počítejte s tím, že se za vás v případě řešení sporu před správním orgánem nepostaví - a u takového zaměstnavatele bych já tedy pracovat nechtěl.