Podle § 101k zákona o DPH:

Prominutí pokuty za nepodání kontrolního hlášení

(1) Plátce je oprávněn požádat správce daně o prominutí pokuty podle § 101h odst. 1 písm. b) až d).

(2) Správce daně může zcela nebo zčásti prominout pokutu podle odstavce 1, pokud k nepodání kontrolního hlášení došlo z důvodu, který lze s přihlédnutím k okolnostem daného případu ospravedlnit. Při tom není vázán návrhem plátce.

(3) Žádost o prominutí pokuty podle odstavce 1 lze podat nejpozději do 3 měsíců ode dne právní moci platebního výměru, kterým bylo rozhodnuto o povinnosti uhradit tuto pokutu.

(4) Podání žádosti o prominutí pokuty podle odstavce 1 má odkladný účinek pro vykonatelnost platebního výměru, kterým bylo rozhodnuto o povinnosti uhradit tuto pokutu.

Těch 50.000 je pokuta podle § 101h odst. 1 písm. d).

Celá tato problematika je řešena v POKYNU GFŘ-D-29 čj. 111096/16/7100-20116-050484, k prominutí pokut za nepodání kontrolního hlášení, ve znění dodatků č. 1, 2, 3, 4, 5 a 6, jsou tam uvedeny ospravedlitelné důvody a míra prominutí. Žádost o prominutí pokuty za nepodání kontrolního hlášení podléhá správnímu poplatku ve výši 1.000 Kč.