"...v Listopadu 2012 sem za poškození cizí věci dostal 2 měsíce s odkladem na 12 měsíců. Znamená to že můj trest už neexistuje..."
Tvůj trest stále existuje, i když by jej nebylo lze vykonat. Existovat přestane až ke dni, kdy nabude právní moci usnesení soudu, který Tě odsoudil, o použití amnestie (§ 368 tr. řádu)."V podmínce" tedy stále jsi, i když pouze formálně.

"...mám čistý trestní rejstřík ?..."
Nemáš. Čistý trestní rejstřík budeš mít, až usnesení soudu o tom, že se na Tvou causu užije amnestie, nabude právní moci, a až o tomto usnesení nalézací soud zpraví rejstřík trestů.

"Dále pak mi pak přišla pohledávka na náklady trestního řízení . Ještě sem ji nezaplatil musím jí zaplatit pokud můj trest vlastně už neexistuje ?"
Amnestie / milost je dobrodiní, jež se dotýkají pouze trestů. Stále jsi soudně trestán, právní moc i vykonatelnost výroku o vině v rozsudku zůstává v platnosti, amnestie se nevztahuje ani např. na uložená ochranná opatření. Ano, náklady trestního řízení (paušální, náklady poškozeného ...) budeš muset zaplatit.