Mohou to myslím požadovat. Službu, na kterou jste jistě sepsali smlouvu, poskytli a jejich pohledávka je IMHO naprosto oprávněná a vymahatelná.
To, zda mají či nemají oprávnění provozovat kanalizaci s tím až tak nemusí souviset - mohou mít tzv. outsourcing. Ona s.r.o. uzavře smlouvu s koncovými uživateli, ale kanalizace jako taková může být provozována (vůči úřadům, vodárnám...) úplně někým jiným. To už nemusíte vědět, máte smlouvu s onou s.r.o.
Rozhodně bych nedělal mrtvého brouka a neplatil - mohou pohledávku přeprodat dál a bude jí vymáhat někdo úplně jiný a nemusí jít o práci v rukavičkách. Platební příkaz, exekuce...