Na SIPu mám pouze jednu platební položku, kterou mi předepisuje nejmenovaná organizace, která mi odmítá tuto položku odstranit.

Není lepší se nejdříve vypořádat z tou nejmenovanou společností? Pokud u nich máte nějaký závazek, např dluh nebo smlouvu na dobu určitou, tak Vám podle mého, zrušení Sipa a následné neplacení přinese pouze problémy.
Takže prostě písemnou výpověď a až potom co vše vyřídíte bych rušil Sipo.