Já to vidím jinak :
Dopustil jste se (vaše vozidlo) přestupku, který jako první evidovala PČR. Ta vás vyzvala, abyste sdělil totožnost řidiče nebo zaplatil pokutu. Vy jste zaplatil (tím se přiznal k přestupku) - pozdě. To pro PČR znamená - nezaplatil - dokumentace k přestupku byl postoupena správnímu orgánu k projednání.

Správní orgán, vzhledem k tomu, že ve spisové dokumentaci od PČR bylo uvedeno, že jste zaplatil (sice pozdě), vyvodil, že není pochyb o tom kdo přestupek spáchal, vydal bez dalšího řízení Příkaz a uložil vám pokutu podle zákona o přestupcích. V tomto případě ani neměl za povinnost vám předkládat nějaké dokumenty ani vás o probíhajícím jednání informovat. Tento postup mu umožňuje zákon o přestupcích.

Proti Příkazu jste podal odpor, tzn. přestupek se začne znovu projednávat. Správní orgán si vás předvolá k Ústnímu jednání, kde se můžete vyjádřit dle libosti. Pokud správní orgán bude mít písemnosti a dokumentaci, které budete požadovat, poskytne vám ji k nahlédnutí. Po skončení ústního jednání vydá Rozhodnutí. Pokud bude ve váš neprospěch, počítejte s tím, že pokuta vzroste nejméně o 1000,- Kč (?) jako poplatek za správní úkony. I toto je v souladu se zákonem o přestupcích.
Proti Rozhodnutí můžete podat odvolání k nadřízenému správního orgánu. Ale to všechno bude v poučení.

Pokud jste ještě nepodal odpor - já být na vašem místě, spolknu vztek a bez dalšího zaplatím. Vyjde vás to levněji. Ale já této problematice trochu rozumím.